Al igual que muchos otros grupos de organismos, muchas especies de primates se encuentran amenazadas de extinción. El hombre ha llevado a la extinción a varias especies desde que empezó su dispersión en el globo.
Los principales factores que amenazan a los primates son:
§ Destrucción del hábitat. Sin lugar a dudas la destrucción del hábitat es la principal causa que está contribuyendo a la desaparición de las poblaciones salvajes. El contínuo crecimiento de la población humana lleva a que cada día se destruyan más bosques por la expansión de las ciudades y en busca de tierras cultivables y para extracción de madera. Cerca del 90% de los primates no humanos habitan en las selvas húmedas de África, Asia, Centro y Sudamérica y estos bosques se están talando a una tasa de más de 10 hectáreas por año.
§ Cacería de primates para consumo de su carne. En las selvas de Brasil, primates como los monos aulladores (Alouatta), los lanudos (Lagothrix) y los capuchinos (Cebus) son regularmente cazados por su carne. En África, los monos y los simios son disparados y vendidos en el mercado como "carne exótica". Los cazadores suelen preferir especies de mayor tamaño, por ejemplo en África los cazadores prefieren cazar especies de Colobus que de Cercopithecus, pero a medida que el número de individuos de especies grandes disminuye pasan a otras más pequeñas. Otras organizaciones mencionan que esta práctica puede poner en riesgo la salud humana ya que la práctica de cacería y consumo puede favorecer el paso a los humanos de virus como el ébola y el VIS (Virus de la inmunodeficiencia simiesca, antepasado evolutivo del VIH).
§ Tráfico de primates como mascotas o para obtener productos. Los primates también son cazados para otros propósitos, la carne del langur (Trachypithecus johnii) y del macaco cola de león (Macaca silenus) es vendida por supuestas propiedades afrodisíacas y medicinales. De igual manera la sangre del langur de Phayre (Trachypithecus phayrei) en Tailandia es comercializada porque hay la creencia que imparte vigor a quien la bebe. En Sudamérica los monos lanudos (Lagothrix) y los monos araña (Ateles) son atrapados para ser utilizados como cebo para capturar ocelotes y jaguares. Suerte similar corren otras especies de primates en Sri Lanka en donde se capturan para ser usados como cebo en la caza de cocodrilos.
En muchos países los primates se venden como mascotas, pero para esto deben ser capturados siendo bebés y en el proceso es necesario matar a sus madres. En otras partes se da muerte a los primates por considerarlos plagas para la agricultura; es el caso de las especies de capuchinos (Cebus), babuinos de sabana (Papio), y de los macacos (Macaca) en América, África y Asia respectivamente.61
Los primates también han sido capturados para permitir la investigación médica. El número más alto de capturas se alcanzó en los años 1950’s y continuó por los años 1960’s alcanzando los cientos de miles. De India se exportaron una gran cantidad de macacos rhesus (Macaca mulata), en los esfuerzos que condujeron al desarrollo de una vacuna contra la polio. De Sudamérica se exportaron para la experimentación monos ardilla (Saimiri). La aparición y expansión del virus del VIH llevó a la captura de cientos de chimpancés comunes (Pan troglodytes) para buscar una cura contra el sida.
Las especies de primates en peligro de extinción son listadas por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza y los Recursos Naturales (UICN). Esta entidad realiza la "lista roja" de las especies amenazadas de extinción. Es de notar que desde la publicación de la primera "lista roja" la cantidad de especies de primates amenazadas aumentó de 96 a 166 entre las 600 existentes en el planeta. La cantidad de especies de primates en peligro crítico subió de 13 a 19 desde 1996. El informe también documenta la reciente extinción de una especie de primate, el colobo rojo de la señorita Waldron, un primate propio de las selvas de Ghana y Costa de Marfil. La destrucción de las selvas por la actividad maderera y la construcción de caminos crearon fragmentos de bosque o bolsones aislados devastados por cazadores dedicados al lucrativo negocio de la carne silvestre.
Las creencias supersticiosas también han tenido que ver con la eliminación del aye-aye (Daubentonia madagascariensis). Este primate es matado por los lugareños de Madagascar porque lo consideran de "mal agüero" debido a sus hábitos nocturnos y apariencia particular.
